Πρόλογος – Σκηνή 1
Πλήθος συνωστίζεται γύρω από τα ψηλά τείχη της Μονής Νοβοτζέ-βιτσι στη Μόσχα. Ο Βογιάρος (ευγενής), Μπορίς Γκοντουνόφ, απο-χωρεί από το μοναστήρι μετά το θάνατο του Τσάρου Φιόντορ, ο οποί-ος δεν άφησε κληρονόμο. Το ότι ο Μπορίς θα εκλεγεί στο θρόνο είναι βέβαιο, αλλά προσποιείται ότι δεν θέλει, ώστε να μην δώσει την εντύπωση ότι θέλει να αρπάξει την εξουσία. Με την προτροπή ενός αστυνομικού, ο λαός ικετεύει τον Γκοντουνόφ να δεχτεί τον θρόνο:
“Μη μας εγκαταλείπεις, πατέρα, Μη μας αφήνεις αβοήθητους! “

Ο γραμματέας της Δούμας, ανακοινώνει ότι ο Γκοντουνόφ είναι αμετάπειστος.

Πρόλογος – Σκηνή 2
Στην πλατεία του καθεδρικού ναού στο Κρεμλίνο.
Χτυπούν οι καμπάνες. Ο Γκοντουνόφ έχει αποδεχθεί τον θρόνο και γίνεται η στέψη του. Παρ’ όλα αυτά δεν είναι ευτυχής και βασανίζεται από ανησυχίες:
“Η ψυχή μου είναι βαριά, ένας ακαθόριστος φόβος, ένα εφιαλτικό προαίσθημα έχει καρφωθεί στην καρδιά μου … “

Στο Κρεμλίνο ακούγονται κωδωνοκρουσίες και ο λαός ξεσπά σε επευφημίες.

Πράξη Ι – Σκηνή 1
Αργά το βράδυ σ΄ένα κελί στη Μονή Τσούντοφ. Με το φως ενός κεριού, ο σοφός ερημίτης Πίμεν γράφει ένα ειλικρινές χρονικό της ιστορίας του ρωσικού κράτους. Στο χρονικό του, ο Πίμεν αποκαλύ-πτει το μυστικό της δολοφονίας του Τσαρέβιτς Ντμίτρι από τον Μπορίς Γκοντουνόφ.
Ο Γκριγκόρι, ένας δόκιμος μοναχός, που μοιράζεται το κελί του Πίμεν, ξυπνάει. Ακούει την ιστορία του γέροντα και μια καταιγίδα παθών και αδυσώπητων φιλοδοξιών διαλύει την ηρεμία της νύχτας. Έρχεται στον Γριγκόρι η ιδέα να πάρει ο ίδιος το όνομα του Τσαρέβιτς και να διεκδικήσει τον θρόνο από τον Μπορίς.
“Μπόρις! Μπόρις! Όλοι τρέμουν ενώπιόν σου,
Κανείς δεν τολμά να σου υπενθυμίσει
Για τη μοίρα του δύσμοιρου βρέφους …
Όμως ένας ερημίτης σε ένα σκοτεινό κελί
Γράφει μια τρομερή καταγγελία εναντίον σου.
Και δεν θα ξεφύγεις από την ανθρώπινη κρίση,
Όπως δεν θα ξεφύγεις κι από την κρίση του ουρανού! “

Σκηνή 2 
Πανδοχείο κοντά στα σύνορα της Λιθουανίας.
Τρεις περιπλανώμενοι μοναχοί, ο Βαρλαάμ, ο Μισάιλ και ο Γκριγκόρι, συναντούν την πεταχτούλα ιδιοκτήτρια του πανδοχείου. Ο Βαρλαάμ, μεθυσμένος και κοιλιόδουλος, τραγουδάει τραγούδια για την κατάλη-ψη του Καζάν. Ο Γκριγκόρι ρωτά την πανδοχέα πώς πάνε στη Λιθου-ανία. Ένας αστυνομικός έρχεται στο πανδοχείο: με εντολή του Τσά-ρου ψάχνει για τον μοναχό του Γκριγκόρι. Ο Γκριγκόρι αποτυγχάνει να διασκεδάσει τις υποψίες του αστυνόμου και για να σωθεί πηδά από το παράθυρο.

Πράξη ΙΙ – Σκηνή 1 
Στα διαμερίσματα του Τσάρου στο Κρεμλίνο.
Ο γιός του Τσάρου, Τσαρέβιτς Φιόντορ, εξετάζει τον πρώτο χάρτη της Ρωσίας. Η Ξένια, η κόρη του Μπορίς, θρηνεί μπροστά στο πορτρέτο του νεκρού αρραβωνιαστικού της, που ήταν ο διάδοχος του δανικού θρόνου. Σε μια προσπάθεια να την διασκεδάσει η νταντά της της λέει μια αστεία ιστορία. Ο Γκοντουνόφ μπαίνει και μιλάει τρυφερά με τα παιδιά του και είναι ευχαριστημένος με τον γιο του που είναι μελετη-ρός και έξυπνος.
Αλλά ακόμη και μαζί με τα παιδιά του, ο Μπόρις βασανίζεται από α-γωνία. Η Ρωσία έχει τρομερό λιμό. Οι απλοί άνθρωποι που έχουν πληγεί από την πανώλη περιφέρονται σαν άγρια ζώα κατηγορούν και καταριούνται τον Τσάρο για όλα τα προβλήματά τους.
Ένα βαθύ παράπονο ξεσπά από τα σωθικά του Τσάρου:
“Όλα γύρω είναι σκοτάδι και αδιαπέραστη θλίψη,
Ω, για μια φευγαλέα ματιά μιας ακτίνας χαράς! ..
Κάποιο μυστικό άγχος, μόνιμη αίσθηση της επικείμενης καταστροφής! .. “
Ο βογιάρος Σούισκι μπαίνει. Είναι ένας πονηρός αυλικός και ηγείται μιας ομάδας ευγενών με στασιαστικές διαθέσεις. Φέρνει άσχημα νέα: ένας διεκδικητής του θρόνου από την Λιθουανία ισχυρίζεται ότι είναι ο Τσαρέβιτς Ντμίτρι (δηλ. ο γιος του προηγούμενου Τσάρου Φιόντορ). Έχει την υποστήριξη του βασιλιά της Πολωνίας, των Πολωνών ευγενών και του Πάπα. Ο Μπόρις απαιτεί από τον Σούισκι να του πει την αλήθεια και τον ρωτά αν είναι σίγουρος ότι το μωρό που σκοτώθηκε στην πόλη Ούγκλιτς ήταν ο Τσαρέβιτς ς Ντμίτρι. Ο Σούισκι, απολαμβάνοντας το μαρτύριο του Τσάρου, περιγράφει τη βαθιά πληγή στο λαιμό του Τσάρεβιτς και το αγγελικό χαμόγελο στα χείλη του …
“Φάνηκε ότι στο λίκνο του ήταν ειρηνικός ύπνος … “

Ο Σούισκι αποχωρεί, έχοντας αναζωπυρώσει εκ νέου τους φόβους που συντρίβουν τον Μπόρις, ο οποίος νομίζει ότι βλέπει την εικόνα του δολοφονημένου Ντμίτρι.

Πράξη ΙΙΙ – Σκηνή 1
Βρισκόμαστε στον κήπο του Μνίσεκ, του διοικητή της (πολωνικής) πόλης Σάντομιρ.
Οι Πολωνοί ευγενείς με στρατό ετοιμάζονται να πορευτούν προς την Μόσχα. Επιδιώκουν να βάλουν στον ρωσικό θρόνο τον προστατευό-μενό τους, που δεν είναι άλλος από τον μοναχό Γκριγκόρι που το έ-σκασε από το μοναστήρι Τσούντωφ, και πήρε το όνομα του δολοφο-νημένου Τσαρέβιτς Ντμίτρι.
Σε αυτό θα βοηθήσουν τα φιλόδοξα σχέδια της κόρης του διοικητή, της όμορφης Μαρίνας, που ονειρεύεται να γίνει σύζυγος του μελλοντικού βασιλιά της Ρωσίας. Το πολυαναμενόμενο ραντεβού της Μαρίνας με τον Ντμίτρι, που την έχει ήδη ερωτευτεί, πραγματοποιεί-ται. Ωστόσο, η απότομη και υπολογιστική συμπεριφορά της Μαρίνας και η φιλοδοξία της να καθίσει στο ρωσικό θρόνο, προβληματίζει τον Ντμίτρι για λίγο. Η Μαρίνα το αντιλαμβάνεται αυτό και με γαλειφιές προσπαθεί να τον κερδίσει. Ο Ιησουίτης, Ρανγκόνι, γιορτάζει την επιτυχία του σχεδίου του.

Σκηνή 2
Χειμωνιάτικο πρωί. Μπροστά στον Καθεδρικό Ναό του Αγ. Βασιλεί-ου του Ευλογημένου στη Μόσχα.
Ένα πλήθος πεινασμένων ανθρώπων συζητά τις νίκες του Διεκδι-κητή του θρόνου (του ψευτο-Ντμίτρι) απέναντι στις δυνάμεις του Μπορίς. Ένας χαζούλης φτάνει στην πλατεία. Χαμίνια τον περικυ-κλώνουν γυρεύοντας λίγα καπίκια.
Ο Τσάρος βγαίνει από τον Καθεδρικό Ναό. Το πλήθος φωνάζει “Ψωμί, ψωμί! Δώσε στους πεινασμένους ψωμί! Δώσε μας ψωμί, πατερούλη, για το Χριστό!”. Απελευθερωμένος από τα χαμίνια ο χαζούλης απευθύνεται στον Τσάρο: “Παράγγειλέ τους να σκοτωθούν, καθώς σκοτώσατε το μικρό Τσαρέβιτς”. Ο Μπόρις λέει στους Βογιάρους να μην τον συλλάβουν:
“Αφήστε τον! Προσευχήσου για μένα, καλέ μου άνθρωπε…”
Αλλά ο χαζούλης απαντά : “Όχι, Μπόρις! Δεν μπορεί να γίνει!
Πώς μπορεί κανείς να προσευχηθεί για έναν Τσάρο που είναι σαν τον Ηρώδη; Η Παναγία δεν θα το επιτρέψει  αυτό … “

Πράξη IV – Σκηνή 1
Νύκτα, ξέφωτο στο δάσος έξω από την Μόσχα. Οι αγρότες εξεγέρθη-καν και οδηγούν στην φυλακή έναν βογιάρο. Τον κοροϊδεύουν θυμί-ζοντάς του ότι έκαναν αυτοί στους ίδιους.
“Μας εκπαιδεύσατε σωστά, μας εκμεταλλευόσασταν σε καταιγίδες και κακές καιρικές συνθήκες και όταν οι δρόμοι ήταν αδιάβατοι και μας χτυπούσατε με το μαστίγιο… “

Η άφιξη των μοναχών, του Βαρλαάμ και του Μισάιλ και οι καταγγελίες τους για τις αμαρτίες του Μπόρις, τoν φόνο του βασιλόπαιδα αναζω-πυρώνουν ακόμα περισσότερο την οργή του πλήθους. Ξεσπούν σ’ ένα απειλητικό τραγούδι:
“Μια νεαρή δύναμη είναι σε έξαρση,
Το αίμα του Κοζάκου βράζει!
Μια μεγάλη ανατρεπτική δύναμη ορμά από τα βάθη … “

Οι ιησουίτες ιερείς και οι απεσταλμένοι του ψευτο-Ντμίτρι εμφανίζον-ται. Αλλά η άφιξη αυτών των ξένων προκαλεί την αγανάκτηση του πλήθους. Οι αγρότες σέρνουν τους Ιησουίτες στο δάσος για να τους κρεμάσουν.

Ο ψευτο-Ντμίτρι ιππεύει προς το ξέφωτο και περιβάλλεται από στρατεύματα, τους πολωνούς ευγενείς και τους ιησουίτες. Απελευθε-ρώνουν τον ευγενή. Ο ψευτο-Ντμίτρι υπόσχεται να προστατεύει τους χωρικούς και τους πείθει να τον ακολουθήσουν στην Μόσχα. Ο ουρανός ανάβει με τη λάμψη της φωτιάς. Το κουδούνι συναγερμού χτυπά. Εμφανίζεται ο χαζούλης κοιτάζοντας τριγύρω του με φόβο. Με εμφανή αγωνία και πόνο προφητεύει τα νέα προβλήματα που περι-μένουν τους Ρώσους (εξαιτίας των Πολωνών):
“Κυλίστε, κυλίστε δάκρυα πικρά,
κλάψε, κλάψε ρωσική Ορθόδοξη ψυχή!
Σύντομα ο εχθρός θα έρθει και το σκοτάδι θα πέσει,
Μαύρο, αδιαπέραστο σκοτάδι … “

Σκηνή  2
Στο παλάτι του Κρεμλίνου η σύνοδος της Δούμα είναι σε εξέλιξη. Οι βογιάροι συζητούν για την τιμωρία που πρέπει να επιβληθεί στον ψευτο-Ντμίτρι μόλις τον πιάσουν. Εμφανίζεται ο Σούισκι. Περιγράφει τη σκηνή στο ιδιωτικό διαμέρισμα του Τσάρου, όταν ο Μπόρις έδιωξε το φάντασμα του δολοφονημένου Τσαρέβιτς Ντμίτρι. Σε αυτό το σημείο, ο Μπόρις εισέρχεται φωνάζοντας: “Φύγε, φύγε, παιδί!” Βλέποντας τους βογιάρους, ανακτά τον έλεγχο του εαυτού του και ζητά συμβουλές και βοήθεια.

Ο Σούισκι προτείνει στον Τσάρο να ακούει τον άγιο άνθρωπο που έχει έρθει να του πει ένα μεγάλο μυστικό. Ο Μπορίς συμφωνεί. Ο Πίμεν μπαίνει στον χώρο. Ο Πίμεν μιλά για την θαυματουργή θερα-πεία ενός αρρώστου στον τάφο του δολοφονημένου Τσαρέβιτς Ντμίτρι, στο Ούγκλιτς, είναι κάτι που ταράζει τόσο πολύ τον Μπορίς που πέφτει λιπόθυμος στο πάτωμα.
Όταν συνέρχεται και πριν πεθάνει ο Τσάρος δίνει συμβουλές στον γιο του πώς να προστατεύσει το βασίλειό του:
“Να μην εμπιστεύεσαι τις συκοφαντίες των βογιάρων,
Να παρακολουθείς προσεκτικά τις μυστικές συναλλαγές τους με τη Λιθουανία,
Να τιμωρείς την προδοσία χωρίς έλεος,
Να ακούς τι λένε οι απλοί άνθρωποι – επειδή δεν είναι υποκριτές … “

Κτυπά η καμπάνα, ψάλλουν οι μοναχοί κι ο Τσάρος πεθαίνει. Ο σοκαρισμένος Τσαρέβιτς Φιόντορ, έχοντας ευλαβικά αποχαιρετίσει τον πατέρα του, σηκώνεται στα πόδια του … Και αμέσως, ο Σούισκι, σαν από το πουθενά, ορθώνεται μπροστά του και μπλοκάρει τον δρόμο του προς τον θρόνο.